Sephiroth est né environ 25 ou 30 ans avant le début du jeu du professeur Hojo et de Lucrecia de la Shinra. Avant la naissance de Sephiroth, Hojo et Lucrecia étaient les assistants du professeur Gast, un scientifique de la Shinra, sur le projet Jenova. Le projet étudiait la forme extraterrestre Jenova. Gast et Hojo injectèrent des cellules de Jenova dans la femme enceinte Lucrecia. Ainsi, Lucrecia donna vie à Sephiroth. Après sa naissance, la Shinra éleva Sephiroth comme un officie SOLDIER et ne lui dit rien sur sa mère à part qu'elle s'appelait Jenova. Il ne savait pas non plus que le scientifique de la Shinra Hojo fût son père. Il développa une force surhumaine et devint un SOLDIER d'élite et gagna une grande renommé après la victoire de Midgar sur Wutai. Puis il fut envoyé par le président de la Shinra pour détruire le groupe AVALANCHE.
Plus tard, au réacteur Shinra de Corel, Sephiroth trouva plusieurs bocaux expérimentaux contenant d'horribles créatures, à la base humains à qui l'on a injecté des cellules de Jenova. Plus au fond, il trouva une chambre avec l'écriteau JENOVA qui contenait une créature féminine. Perturbé par le fait que cette créature ait le même nom que sa mère, Sephiroth, pensant que lui même fut créé comme ça, rentra au manoir de Nibelheim et commença des recherches dans les laboratoires souterrains.
Après ces recherches, Sephiroth devint enragé et un dangereux psychopathe. Grâce aux rapports de la Shinra, Sephiroth conclut que Jenova est une Cetra et ainsi lui aussi et est le dernier survivant Cetra. (Il oublie Aeris.) Il pensa que les humains ont trahis les Anciens il y a deçà 2000ans et résolut de venger ses ancêtres des humains.
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