Les magies, ou esprits, tiennent un rôle important dans Secret of Mana. Tout comme les armes, il faut les faire évoluer en les utilisant. Le niveau maximum étant 8:99. Cependant, il n'est pas possible d'augmenter la magie à ce niveau dès le début, il y a un niveau bloqué qui est égal au nombre de graines Mana ravivées.
Chaque esprit préte ses forces à l'elfe et à la fille et en rêgle générale, la fille possède des magies défensifives et l'elfe, offensives.
Il y a en tout 8 éléments dans Secret of Mana : Eau, Terre, Vent, Feu, Ombre, Lumière, Lune, Nature.
Liste des esprits :